我正在尝试在 dicom 文件中读取 dicom 头标签。现在,有两种方法可以读取此 dicom 头标签。
1)在 pytn 中使用 pydicom 包,显然在我的 pytn 安装版本(pytn 3)上效果不佳。
2)或者当我通过命令行调用 AFNI 函数 'dicom_hinfo' 时,我可以获取 dicom 标签值。在终端中调用 afni 函数的语法如下:
dicom_hinfo-tag aaaa,bbbb 文件名.dcm 输出:fgre
现在我应该如何调用这个 dicom-info-tag aaaa,bbbb filename.dcm 在 pytn 脚本中。
要从子进程获取输出,您可以use check_output()
function:
#!/usr/bin/env pytn
from subprocess import check_output
tag = check_output('dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb filename.dcm output:fgre'.split(),
universal_newlines=True).strip()
universal_newlines=True
用于在 Pytn 3 上获取 Unicode 文本(使用用户区域设置的字符编码对数据进行解码)。
check_output()
假定dicom_hinfo
打印到其标准输出流 (stdout)。一些实用程序可以直接打印到 stderr 或终端。可以修改代码以适应这一点。
哦,这是由于使用 Pydicom 的语法错误。我想访问 0019,109c 标签。
语法应该是:
ds [0x0019,0x109c].value。
不是 ds [aaaa,bbbb].value
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