Linux常用命令重启命令:如何调用命令行命令(AFNI命令 )(afni update)

我正在尝试在 dicom 文件中读取 dicom 头标签。现在,有两种方法可以读取此 dicom 头标签。

1)在 python 中使用 pydicom 包,显然在我的 python 安装版本(python 3)上效果不佳。

2)或者当我通过命令行调用 AFNI 函数 'dicom_hinfo' 时,我可以获取 dicom 标签值。在终端中调用 afni 函数的语法如下:

dicom_hinfo-tag aaaa,bbbb 文件名.dcm 输出:fgre

现在我应该如何调用这个 dicom-info-tag aaaa,bbbb filename.dcm 在 python 脚本中。

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要从子进程获取输出,您可以use check_output() function

#!/usr/bin/env python
from subprocess import check_output
tag = check_output('dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb filename.dcm output:fgre'.split(),
                   universal_newlines=True).strip()

universal_newlines=True用于在 Python 3 上获取 Unicode 文本(使用用户区域设置的字符编码对数据进行解码)。

check_output()假定dicom_hinfo打印到其标准输出流 (stdout)。一些实用程序可以直接打印到 stderr 或终端。可以修改代码以适应这一点。

0

哦,这是由于使用 Pydicom 的语法错误。我想访问 0019,109c 标签。

语法应该是:

ds [0x0019,0x109c].value。

不是 ds [aaaa,bbbb].value

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