Koga nei:Nei-Gojobori-Ka/Ks-dn/ds比率多重实现问题

下午好,

我正在浏览 Nei-Gojobori 算法或 Ka / Ks 比率的实现-非同义和同义密码子更改之间的比率。

我发现了三个实现,所有这些都声称是这个算法的正确实现。

实施 1-https://github.com/adelq/dnds

实施 2-https://edwards.sdsu.edu/research/wp-content/uploads/2016/03/Vito__SRS16.pdf

实现 3-我自己的版本写的基础上的算法讨论从介绍计算基因组学(克里斯蒂亚尼,哈恩)。

在实现 2 中运行示例(Sequence1-GTTATGAAGACC;和 Sequence2-GTACTGAAAACC;),我得到以下结果:

实施 1-1 / 6 实施 2-0.12 实施 3-0.0729751

实施方式 2 不考虑两个序列上的同义和非同义位点的平均。

哪个实现是正确的?我想知道哪个是正确的过程,所以我可以扩展这个逻辑,以允许 & gt;2 序列。

谢谢,U。

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