我想跳过中间规则，如果他们的输出文件已经存在。
例如，我想跳过第二条规则，如果它在这个基本的 Snakefile 之前运行：
rule third:
input:
"b",
"c"
output: "d"
shell: "touch {output}"
rule second:
input: ancient("b")
output: "c"
shell: "touch {output}"
rule first:
input: "a"
output: "b"
shell: "touch {output}"
触摸a后，此管道工作正常。
当我再次触摸a时，我希望第二个规则将被跳过，因为输入被标记为ancient。
将第三规则中的c而不是第二规则中的b标记为古代也没有效果。
更新：使用建议，我更新了 Snakefile 以跳过第二条规则，如果它在之前运行（并且不是强制的）：
ruleorder: cached_c > second
rule third:
input:
"b",
"c"
output: "d"
shell: "touch {output}"
rule second:
input: "b"
output:
c = "c"
shell: '''
touch {output.c}
cp {output.c} cache
'''
rule cached_c:
input: "cache"
output: "c"
shell: "cp {input} {output}"
rule first:
input: "a"
output: "b"
shell: "touch {output}"
如果输入被更改，远古确实会阻止规则运行，但是不是在 snakemake 执行更改时。您可以运行snakemake -nr以查看运行规则的原因，并且在您提供规则的情况下，第二个将运行，因为Input files updated by another job: b。我遇到了类似的情况，但我认为这是在 temp 和远古之间的相互作用，而不是
虽然缓存会工作,但它会向磁盘添加另一个文件,在实际示例中可能不太理想。此外,在规则第三只依赖于 c 的情况下,它仍然会重新运行,因为 c 的修改时间随着复制而更新。我去是一个输入函数,当输出文件已经存在时,它将返回一个空字符串 (或 dict 如果使用 unpack)。
import os
rule third:
input:
"b",
"c"
output: "d"
shell: "touch {output}"
def second_input(wildcards):
if os.path.exists("c"):
return ""
else:
return "b"
rule second:
input: second_input
output: "c"
shell: "touch {output}"
rule first:
input: "a"
output: "b"
shell: "touch {output}"
现在触摸 a 只会导致规则第一和第三运行，因为 a 被更新，然后 b 被更新。
为什么你假设第二条规则将被跳过？ancient修饰符相反：
为了确定是否必须重新创建输出文件，Snakemake 检查同一作业的任何输入文件的文件修改日期（即时间戳）是否比输出文件的时间戳新。可以通过将输入文件标记为古老来覆盖此行为。此类文件的时间戳将被忽略，并始终假定为比任何输出文件都旧
因此，而不是总是跳过规则，你总是运行它，即使没有任何变化。
规则具有依赖关系这一事实意味着，每当更改输入时，您都希望重新评估此规则的输出。您可以通过创建从cache获取其输入的单独规则来手动打破此依赖关系。缓存版本必须没有依赖关系（因此永远不会被重新评估），并且您可以在确定文件足够好以进行缓存时手动复制它们。
一种替代方法是在每次成功运行后（或在每次运行之前，如果您找到工件）自动将文件复制到缓存目录中：s://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#onstart-onsuccess-and-onerror-handlers
onsuccess:
# Copy your files here
更新：我在消息中提供的 Snakemake 引用的引用是模棱两可的，可以通过两种方式理解。但是，它没有说 Snakemake 如何处理古代输入的时间戳，将它们链接到可能影响此文件的其他规则。
关于缓存版本，我个人没有接触到Between workflow caching，但这不是我的意思。Snakemake 不知道更改的源是否会影响缓存的文件，除非它重新评估文件并比较哈希。如果您希望避免这种情况（并且您非常确定源的更改不会影响管道的其余部分），则可以创建两个单独的分支来创建目标。例如，
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